Музей основан в 1932 году и располагался в помещении Казанского собора. 8 июня 2001 года открыл экспозиции по новому адресу. Является первым в мире музеем истории религии. Обладает уникальным тематическим собранием памятников всеобщей истории религий (свыше 180 000 ед. хр.), формировавшимся в течение длительного времени и отражающим эволюцию религий с древности до наших дней. Имеет научно-исторический архив (рукописные книги и другие документы XVII - XX вв.), профильную библиотеку (около 180 000 книг и журналов на разных языках, в том числе собрание инкунабул и редких книг).

Открыта часть новой постоянной экспозиции (Архаические верования и обряды, Религии Древнего мира. Возникновение и сущность христианства, Русское православие, Католицизм, Протестантизм, в процессе создания отдел Религии Востока и другие отделы). Является всероссийским методическим центром по проблемам религиоведения, оказывает помощь другим музеям при создании экспозиций, проводит стажировки для музейных работников. Ведет комплексные научные исследования по истории и философии религии, собирательскую и экспозиционную работу по следующим направлениям: архаические и традиционные верования, религии Древнего мира, национальные религии Индии, Китая, Японии, буддизм, иудаизм, христианство, ислам и др.

Адрес: 190000, Санкт-Петербург, Почтамтская ул., д.14 (напротив Главпочтамта), Авт. 3, 22, 27 и тролл. 5, 22 до Почтамтского переулка